阿米巴性阴道炎(amebic vaginitis)多由阿米巴病原体随大便排出后直接感染外阴或阴道，阿米巴病原体直接侵犯阴道者较少，但如全身情况差或阴道黏膜上皮细胞有损伤时阿米巴滋养体可侵入损伤部位引起炎症。原虫侵入阴道黏膜后依靠其伪足及其分泌的组织溶解酶造成黏膜坏死，形成溃疡，机体抵抗力低的患者病变还可侵犯至外阴、子宫颈及子宫内膜发生炎症。
